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Chr11:29014588 - 29021459

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 [SNPs] [Indels] [SSR-associated indels]

SNPs

PositionRef.Alt.DepthScoreFreq. Of Alt.EffectSpecies
29014657AC562517.771.00UTR_5_PRIME(|44||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29014670GT572492.771.00UTR_5_PRIME(|31||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29014931CT652515.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29015124GT632542.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29015284TG411847.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29015341GA512065.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29015396GA451789.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29015498GA572394.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29015685AG602304.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29015802CG662901.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016643TC361436.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016683GC361457.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016816CT1245.770.25INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016833GA29406.770.24INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016841AT45359.770.31INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016847CT55882.770.44INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016858TA68795.770.32INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016870CT91694.770.30INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016872GA97263.770.15INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016873GA98345.770.15INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016875CT1001876.770.48INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016929CA93731.770.32INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29017130AC,
T
432593.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29017174GA88905.770.40INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29017219CT89850.770.37INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29017243CT77256.770.18INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29017345TC46228.770.17INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29017370CT431064.770.65INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29017381TC421170.770.71INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29017694CT36193.770.33INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29018001CT76212.770.14INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29018057GA791125.770.39INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29018168CT741230.770.46INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29018183CT781392.770.45INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29018700GA82568.770.29INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29018829TA641281.770.64INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29018908AG29584.770.66INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29018935CT34342.770.38INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29019710CT501997.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29020016CT582304.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29020040GC632332.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29020597AG532183.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01), SPLICE_SITE_REGION(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29021095GT562125.771.00NON_SYNONYMOUS_CODING(MISSENSE|tgG/tgT|W301C|None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis

Indels

PositionRef.Alt.DepthScoreFreq. Of Alt.EffectSpecies
29015282TTAG411838.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29015590TTTTC663333.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29015591AATTAACATTGGAAAAAAAGTT472563.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29015794GTAG642842.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016406CTTC592617.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016789GGCTTCCTCGTGGTGTTCTACATGTGGTCCTTTTCTTAGTTT11372.50.91INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016851ATGA63663.730.30INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016863AAAACT78297.730.14INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29016864AAAT79983.730.34INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29017986AACT65665.730.34INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29017993CCTCTG671968.730.70INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29018198GTG791457.730.47INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29018211ATTTA,
ATT
412526.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis
29021142CCA541982.731.00UTR_3_PRIME(|3||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis

SSR-associated indels

PositionRef.Alt.DepthScoreFreq. Of Alt.EffectSpecies
29015413(TA)9(TA)14221370.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G175300.01)Vigna nepalensis