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Chr11:1635208 - 1639886

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 [SNPs] [Indels] [SSR-associated indels]

SNPs

PositionRef.Alt.DepthScoreFreq. Of Alt.EffectSpecies
1635718AG481892.771.00SYNONYMOUS_CODING(SILENT|ttA/ttG|L26|None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1635866AG572243.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1636097AG552630.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1636100GA572495.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1636128TC652540.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1636178CA602491.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1636747CA421658.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1636920TC542099.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637063CA512007.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01), SPLICE_SITE_REGION(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637154TC562255.771.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637252GA602323.771.00DOWNSTREAM(|4951||None|Vigan.11G016700.01), SYNONYMOUS_CODING(SILENT|ccG/ccA|P116|None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637364TC542119.771.00DOWNSTREAM(|4839||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637585TC552085.771.00DOWNSTREAM(|4618||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637662AC592561.771.00DOWNSTREAM(|4541||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637879CT401581.771.00DOWNSTREAM(|4324||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637942TC502073.771.00DOWNSTREAM(|4261||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637961CA492215.771.00DOWNSTREAM(|4242||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637962AG502215.771.00DOWNSTREAM(|4241||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1638000TC662998.771.00DOWNSTREAM(|4203||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1638001GT653059.771.00DOWNSTREAM(|4202||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1638003GA682996.771.00DOWNSTREAM(|4200||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1638037GC692741.771.00DOWNSTREAM(|4166||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1638157TC341347.771.00DOWNSTREAM(|4046||None|Vigan.11G016700.01), SYNONYMOUS_CODING(SILENT|taT/taC|Y204|None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1638204GT542129.771.00DOWNSTREAM(|3999||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1638936GA532136.771.00DOWNSTREAM(|3267||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1639012TC612374.771.00DOWNSTREAM(|3191||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1639756AG501998.771.00DOWNSTREAM(|2447||None|Vigan.11G016700.01), UTR_3_PRIME(|437||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis

Indels

PositionRef.Alt.DepthScoreFreq. Of Alt.EffectSpecies
1635942TTA542611.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1635943TTATC572611.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1635958GGACTGTTAA542788.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1636094CCTCAAA572773.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1636183GGA581827.731.00INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1637679TTA582509.731.00DOWNSTREAM(|4523||None|Vigan.11G016700.01), INTRON(|||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis
1639801CCA461461.731.00DOWNSTREAM(|2401||None|Vigan.11G016700.01), UTR_3_PRIME(|483||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis

SSR-associated indels

PositionRef.Alt.DepthScoreFreq. Of Alt.EffectSpecies
1639461(CT)13(CT)15301487.731.00DOWNSTREAM(|2741||None|Vigan.11G016700.01), UTR_3_PRIME(|143||None|Vigan.11G016600.01)Vigna nepalensis