VIGGS:Variant information

Chr10:8716637 - 8723201

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SNPs

Position	Ref.	Alt.	Depth	Score	Freq. Of Alt.	Effect	Species
8716768	T	A	57	2308.77	1.00	UTR_3_PRIME(\|80\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8717282	A	G	70	2670.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8717399	A	C	56	2560.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8717408	C	A	56	2478.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8717433	G	T	51	2096.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01), SPLICE_SITE_REGION(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8717468	T	C	58	2326.77	1.00	SYNONYMOUS_CODING(SILENT\|gcA/gcG\|A93\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8717665	G	A	50	1976.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8717722	C	T	59	2311.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8717806	G	C	55	2061.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8717964	T	C	50	2269.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8718061	G	A	63	2586.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8718181	A	C	69	2766.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8718328	C	A	69	2713.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8718394	G	T	71	2828.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719267	C	T	58	133.77	0.16	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719278	C	T	58	198.77	0.16	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719283	T	A	57	198.77	0.16	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719304	T	G	59	299.77	0.19	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719308	G	A	57	266.77	0.16	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719309	G	A	57	231.77	0.16	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719311	T	C	57	198.77	0.16	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719314	T	A	58	195.77	0.16	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719315	G	A	57	195.77	0.16	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719324	C	A	56	156.77	0.14	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719352	T	C	56	111.77	0.12	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719456	G	C	47	1960.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719467	A	C	50	1973.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719604	G	A	64	2583.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719746	T	C	63	2489.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719886	G	A	54	2246.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8720960	G	A	67	2638.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8721217	G	T	56	2233.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8721255	A	C	54	2133.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8721374	C	A	53	2143.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8721815	A	G	71	2767.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8722022	C	T	63	2566.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8722223	T	C	47	2038.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8722238	C	A	41	1816.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8722313	C	T	35	1363.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8722356	T	G	45	1734.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8722729	A	G	55	2151.77	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8722997	G	A	58	2216.77	1.00	UTR_5_PRIME(\|75\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis

Indels

Position	Ref.	Alt.	Depth	Score	Freq. Of Alt.	Effect	Species
8717951	AG	A	58	2501.73	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8718005	TTAAAA	T	43	1602.73	0.98	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8719207	C	CT	54	1921.73	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis
8722242	G	GAAA	40	1955.73	1.00	INTRON(\|\|\|None\|Vigan.10G076900.01)	Vigna nepalensis