Variant information

Chr10:7201016 - 7204311

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 [SNPs] [Indels] [SSR-associated indels]

SNPs

PositionRef.Alt.DepthScoreFreq. Of Alt.EffectSpecies
7201033TA592421.771.00DOWNSTREAM(|4055||None|Vigan.10G066800.01), UTR_5_PRIME(|115||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7201237TC622870.771.00DOWNSTREAM(|3851||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7201247TC652887.771.00DOWNSTREAM(|3841||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7201344AG532042.771.00DOWNSTREAM(|3744||None|Vigan.10G066800.01), SPLICE_SITE_REGION(|||None|Vigan.10G066700.01), SYNONYMOUS_CODING(SILENT|ctA/ctG|L21|None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7201900GT532349.771.00DOWNSTREAM(|3188||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7201901CT522349.771.00DOWNSTREAM(|3187||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7202574GA592568.771.00DOWNSTREAM(|2514||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7202758CA622811.771.00DOWNSTREAM(|2330||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7202766GA622731.771.00DOWNSTREAM(|2322||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7202923AT552486.771.00DOWNSTREAM(|2165||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7203178CT622422.771.00DOWNSTREAM(|1910||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7203272TA512056.771.00DOWNSTREAM(|1816||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7203345TA562147.771.00DOWNSTREAM(|1743||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7203763AT491863.771.00DOWNSTREAM(|1325||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7204013CA482004.771.00DOWNSTREAM(|1075||None|Vigan.10G066800.01), UTR_3_PRIME(|24||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7204164GA592367.771.00DOWNSTREAM(|924||None|Vigan.10G066800.01), UTR_3_PRIME(|175||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7204239GC582559.771.00DOWNSTREAM(|849||None|Vigan.10G066800.01), UTR_3_PRIME(|250||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7204247CG602707.771.00DOWNSTREAM(|841||None|Vigan.10G066800.01), UTR_3_PRIME(|258||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis

Indels

PositionRef.Alt.DepthScoreFreq. Of Alt.EffectSpecies
7201285TTTTGT632722.731.00DOWNSTREAM(|3802||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7201591TAATCT572498.731.00DOWNSTREAM(|3496||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01), SPLICE_SITE_REGION(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7202259GAG582121.731.00DOWNSTREAM(|2828||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7202588GGA572514.731.00DOWNSTREAM(|2499||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis

SSR-associated indels

PositionRef.Alt.DepthScoreFreq. Of Alt.EffectSpecies
7202876(AT)36(AT)11532387.731.00DOWNSTREAM(|2211||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis
7202878(AT)36(AT)12542426.731.00DOWNSTREAM(|2209||None|Vigan.10G066800.01), INTRON(|||None|Vigan.10G066700.01)Vigna nepalensis